2021 年1 月21 日，《细胞研究》（Cell Research）在线发表了钱俊斌研究员与比利时弗拉芒生物技术研究所Diether Lambrechts 教授以及鲁汶大学等团队合作成果 “ Discriminating mild from critical COVID-19 by innate and adaptive immune single-cell profiling of bronchoalveolar lavages”（https://www.nature.com/articles/s41422-020-00455-9）。该研究通过对22 例2019 冠状病毒病肺炎患者肺泡灌洗液进行了单细胞转录组、免疫组联合测序，系统构建了2019 冠状病毒病肺炎患者免疫反应图谱，在单细胞水平上比较了2019 冠状病毒病肺炎与普通肺炎在致病机制上的区别。

研究人员从单细胞转录组数据中分析出严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）2 特异性基因的表达，发现SARS-CoV-2 基因不仅在被感染的上皮细胞中表达，也在多种免疫细胞中表达；11 种主要基因呈现出差异性表达，比如S 基因主要在上皮细胞中表达，而N 和ORF10 等在免疫细胞中的丰度更高。进一步分析发现，表达S 基因的上皮细胞出现了增强病毒复制及增殖的免疫逃逸现象，而表达N 基因的中性粒细胞则出现了显著的先天性免疫激活，提示中性粒细胞在主动清理病毒过程中发挥重要作用。此类中性粒细胞同时表达大量炎症细胞因子并表现出长时间不受控制的激活状态，这可能是导致2019 冠状病毒病患者细胞因子风暴和重症进展的主要元凶。

最后，论文分析了以多种病理细胞表型作为治疗靶点的可行性，并讨论了目前用地塞米松等激素疗法治疗2019冠状病毒病肺炎的潜在作用机制，这为研发新的抗击SARS-CoV-2 和挽救2019 冠状病毒病重症患者的方法提供了理论依据。