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Altered network topologies and hub organization in adults with autism: a resting-state fMRI study
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2014
... 静息态磁共振功能成像(resting state functional magnetic resonance imaging, rs-fMRI)技术提供一种灵敏地捕捉和表示被试脑功能活动变化情况的非侵入检测方法,近年来被广泛应用于脑部疾病诊断. 病理状态下的脑功能活动相对于正常人存在一定的差异[1 ] ,不同脑部区域之间的相互作用蕴含着丰富的病理信息[2 ] . 构建脑功能连接网络对大脑不同区域之间的联系进行分析,是现阶段对于脑部疾病诊断中的常用研究手法之一[3 -4 ] . ...
Human connectome: structural and functional brain networks
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2010
... 静息态磁共振功能成像(resting state functional magnetic resonance imaging, rs-fMRI)技术提供一种灵敏地捕捉和表示被试脑功能活动变化情况的非侵入检测方法,近年来被广泛应用于脑部疾病诊断. 病理状态下的脑功能活动相对于正常人存在一定的差异[1 ] ,不同脑部区域之间的相互作用蕴含着丰富的病理信息[2 ] . 构建脑功能连接网络对大脑不同区域之间的联系进行分析,是现阶段对于脑部疾病诊断中的常用研究手法之一[3 -4 ] . ...
Structure and function of complex brain networks
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2013
... 静息态磁共振功能成像(resting state functional magnetic resonance imaging, rs-fMRI)技术提供一种灵敏地捕捉和表示被试脑功能活动变化情况的非侵入检测方法,近年来被广泛应用于脑部疾病诊断. 病理状态下的脑功能活动相对于正常人存在一定的差异[1 ] ,不同脑部区域之间的相互作用蕴含着丰富的病理信息[2 ] . 构建脑功能连接网络对大脑不同区域之间的联系进行分析,是现阶段对于脑部疾病诊断中的常用研究手法之一[3 -4 ] . ...
Modern network science of neurological disorders
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2014
... 静息态磁共振功能成像(resting state functional magnetic resonance imaging, rs-fMRI)技术提供一种灵敏地捕捉和表示被试脑功能活动变化情况的非侵入检测方法,近年来被广泛应用于脑部疾病诊断. 病理状态下的脑功能活动相对于正常人存在一定的差异[1 ] ,不同脑部区域之间的相互作用蕴含着丰富的病理信息[2 ] . 构建脑功能连接网络对大脑不同区域之间的联系进行分析,是现阶段对于脑部疾病诊断中的常用研究手法之一[3 -4 ] . ...
Group-constrained sparse fMRI connectivity modeling for mild cognitive impairment identification
1
2014
... 脑功能网络由一组节点及节点之间的边进行表示,其中节点表示由相关模板预先定义的感兴趣区域(region of interest,ROI),边则表示感兴趣区域之间的相关关系. 现阶段脑功能连接的分类方法研究主要基于传统机器学习方法以及深度学习分类方法. 基于机器学习的方法通常面对的问题主要是维度灾难问题. 为了解决此问题,Wee等[5 ] 提取脑功能连接网络的聚类系数降低特征维度,而后采用支持向量机(support vector machines, SVM[6 ] )进行分类. Zhou等[7 ] 基于稀疏化方法(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO[8 ] ),通过最小化目标函数进行特征筛选. Craddock等[9 ] 利用递归特征消除算法(recursive feature elimination, RFE)对特征进行筛选后分类. 虽然以上方法都能取得一定的效果,但是受限于传统机器学习浅层的特征表达能力,缺少对特征中深层语义信息的理解,准确率还有一定的提升空间. ...
Support-vector networks
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1995
... 脑功能网络由一组节点及节点之间的边进行表示,其中节点表示由相关模板预先定义的感兴趣区域(region of interest,ROI),边则表示感兴趣区域之间的相关关系. 现阶段脑功能连接的分类方法研究主要基于传统机器学习方法以及深度学习分类方法. 基于机器学习的方法通常面对的问题主要是维度灾难问题. 为了解决此问题,Wee等[5 ] 提取脑功能连接网络的聚类系数降低特征维度,而后采用支持向量机(support vector machines, SVM[6 ] )进行分类. Zhou等[7 ] 基于稀疏化方法(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO[8 ] ),通过最小化目标函数进行特征筛选. Craddock等[9 ] 利用递归特征消除算法(recursive feature elimination, RFE)对特征进行筛选后分类. 虽然以上方法都能取得一定的效果,但是受限于传统机器学习浅层的特征表达能力,缺少对特征中深层语义信息的理解,准确率还有一定的提升空间. ...
1
... 脑功能网络由一组节点及节点之间的边进行表示,其中节点表示由相关模板预先定义的感兴趣区域(region of interest,ROI),边则表示感兴趣区域之间的相关关系. 现阶段脑功能连接的分类方法研究主要基于传统机器学习方法以及深度学习分类方法. 基于机器学习的方法通常面对的问题主要是维度灾难问题. 为了解决此问题,Wee等[5 ] 提取脑功能连接网络的聚类系数降低特征维度,而后采用支持向量机(support vector machines, SVM[6 ] )进行分类. Zhou等[7 ] 基于稀疏化方法(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO[8 ] ),通过最小化目标函数进行特征筛选. Craddock等[9 ] 利用递归特征消除算法(recursive feature elimination, RFE)对特征进行筛选后分类. 虽然以上方法都能取得一定的效果,但是受限于传统机器学习浅层的特征表达能力,缺少对特征中深层语义信息的理解,准确率还有一定的提升空间. ...
Application of advanced machine learning methods on resting-state fMRI network for identification of mild cognitive impairment and Alzheimer's disease
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2016
... 脑功能网络由一组节点及节点之间的边进行表示,其中节点表示由相关模板预先定义的感兴趣区域(region of interest,ROI),边则表示感兴趣区域之间的相关关系. 现阶段脑功能连接的分类方法研究主要基于传统机器学习方法以及深度学习分类方法. 基于机器学习的方法通常面对的问题主要是维度灾难问题. 为了解决此问题,Wee等[5 ] 提取脑功能连接网络的聚类系数降低特征维度,而后采用支持向量机(support vector machines, SVM[6 ] )进行分类. Zhou等[7 ] 基于稀疏化方法(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO[8 ] ),通过最小化目标函数进行特征筛选. Craddock等[9 ] 利用递归特征消除算法(recursive feature elimination, RFE)对特征进行筛选后分类. 虽然以上方法都能取得一定的效果,但是受限于传统机器学习浅层的特征表达能力,缺少对特征中深层语义信息的理解,准确率还有一定的提升空间. ...
Disease state prediction from resting state FMRI
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2009
... 脑功能网络由一组节点及节点之间的边进行表示,其中节点表示由相关模板预先定义的感兴趣区域(region of interest,ROI),边则表示感兴趣区域之间的相关关系. 现阶段脑功能连接的分类方法研究主要基于传统机器学习方法以及深度学习分类方法. 基于机器学习的方法通常面对的问题主要是维度灾难问题. 为了解决此问题,Wee等[5 ] 提取脑功能连接网络的聚类系数降低特征维度,而后采用支持向量机(support vector machines, SVM[6 ] )进行分类. Zhou等[7 ] 基于稀疏化方法(least absolute shrinkage and selection operator, LASSO[8 ] ),通过最小化目标函数进行特征筛选. Craddock等[9 ] 利用递归特征消除算法(recursive feature elimination, RFE)对特征进行筛选后分类. 虽然以上方法都能取得一定的效果,但是受限于传统机器学习浅层的特征表达能力,缺少对特征中深层语义信息的理解,准确率还有一定的提升空间. ...
Resting state fMRI functional connectivity-based classification using a convolutional neural network architecture
1
2017
... 近年来,深度学习技术快速发展,在面对大规模数据时,深度神经网络具有相对于传统的机器学习更强的特征表达能力. Meszlényi等[10 ] 和Kawahara等[11 ] 的研究将卷积网络应用于脑功能连接分类任务,取得了比传统方法更好的分类效果. Jie等[12 ] 采用卷积神经网络捕捉脑功能连接特征的空间信息与时间信息构建动态脑功能连接矩阵,并应用于阿尔兹海默症的分类. 最近有研究发现,使用注意力机制对特征进行加权能够有效地提升网络的学习能力,Jeon等[13 ] 利用注意力机制结合编解码器提出了一种新的架构,对rs-fMRI数据中的空间信息以及时间信息同时进行学习,在早期阿尔兹海默症的识别上取得了优异的效果. 虽然上述深度学习模型在相关工作之中都表现了一定的合理性,但是大多数研究都将所有脑功能连接作为特征加入到分类网络中进行分类. 由于样本数量不足、数据维度过高,直接使用所有特征极易导致过拟合现象出现;并且由于存在的冗余特征过多,使分类网络的学习难度增加,导致最终的分类准确率过低. 同时,这些模型使用的标准卷积层和池化层的组合存在一些缺陷,池化层用于特征降维并帮助提取远距离区域内的特征,导致某些部分信息(例如数据结构或某些空间信息间的联系)可能会在二次采样操作中丢失. ...
Brainnet CNN: convolutional neural networks for brain networks towards predicting neurodevelopment
1
2017
... 近年来,深度学习技术快速发展,在面对大规模数据时,深度神经网络具有相对于传统的机器学习更强的特征表达能力. Meszlényi等[10 ] 和Kawahara等[11 ] 的研究将卷积网络应用于脑功能连接分类任务,取得了比传统方法更好的分类效果. Jie等[12 ] 采用卷积神经网络捕捉脑功能连接特征的空间信息与时间信息构建动态脑功能连接矩阵,并应用于阿尔兹海默症的分类. 最近有研究发现,使用注意力机制对特征进行加权能够有效地提升网络的学习能力,Jeon等[13 ] 利用注意力机制结合编解码器提出了一种新的架构,对rs-fMRI数据中的空间信息以及时间信息同时进行学习,在早期阿尔兹海默症的识别上取得了优异的效果. 虽然上述深度学习模型在相关工作之中都表现了一定的合理性,但是大多数研究都将所有脑功能连接作为特征加入到分类网络中进行分类. 由于样本数量不足、数据维度过高,直接使用所有特征极易导致过拟合现象出现;并且由于存在的冗余特征过多,使分类网络的学习难度增加,导致最终的分类准确率过低. 同时,这些模型使用的标准卷积层和池化层的组合存在一些缺陷,池化层用于特征降维并帮助提取远距离区域内的特征,导致某些部分信息(例如数据结构或某些空间信息间的联系)可能会在二次采样操作中丢失. ...
Designing weighted correlation kernels in convolutional neural networks for functional connectivity based brain disease diagnosis
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2020
... 近年来,深度学习技术快速发展,在面对大规模数据时,深度神经网络具有相对于传统的机器学习更强的特征表达能力. Meszlényi等[10 ] 和Kawahara等[11 ] 的研究将卷积网络应用于脑功能连接分类任务,取得了比传统方法更好的分类效果. Jie等[12 ] 采用卷积神经网络捕捉脑功能连接特征的空间信息与时间信息构建动态脑功能连接矩阵,并应用于阿尔兹海默症的分类. 最近有研究发现,使用注意力机制对特征进行加权能够有效地提升网络的学习能力,Jeon等[13 ] 利用注意力机制结合编解码器提出了一种新的架构,对rs-fMRI数据中的空间信息以及时间信息同时进行学习,在早期阿尔兹海默症的识别上取得了优异的效果. 虽然上述深度学习模型在相关工作之中都表现了一定的合理性,但是大多数研究都将所有脑功能连接作为特征加入到分类网络中进行分类. 由于样本数量不足、数据维度过高,直接使用所有特征极易导致过拟合现象出现;并且由于存在的冗余特征过多,使分类网络的学习难度增加,导致最终的分类准确率过低. 同时,这些模型使用的标准卷积层和池化层的组合存在一些缺陷,池化层用于特征降维并帮助提取远距离区域内的特征,导致某些部分信息(例如数据结构或某些空间信息间的联系)可能会在二次采样操作中丢失. ...
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... 近年来,深度学习技术快速发展,在面对大规模数据时,深度神经网络具有相对于传统的机器学习更强的特征表达能力. Meszlényi等[10 ] 和Kawahara等[11 ] 的研究将卷积网络应用于脑功能连接分类任务,取得了比传统方法更好的分类效果. Jie等[12 ] 采用卷积神经网络捕捉脑功能连接特征的空间信息与时间信息构建动态脑功能连接矩阵,并应用于阿尔兹海默症的分类. 最近有研究发现,使用注意力机制对特征进行加权能够有效地提升网络的学习能力,Jeon等[13 ] 利用注意力机制结合编解码器提出了一种新的架构,对rs-fMRI数据中的空间信息以及时间信息同时进行学习,在早期阿尔兹海默症的识别上取得了优异的效果. 虽然上述深度学习模型在相关工作之中都表现了一定的合理性,但是大多数研究都将所有脑功能连接作为特征加入到分类网络中进行分类. 由于样本数量不足、数据维度过高,直接使用所有特征极易导致过拟合现象出现;并且由于存在的冗余特征过多,使分类网络的学习难度增加,导致最终的分类准确率过低. 同时,这些模型使用的标准卷积层和池化层的组合存在一些缺陷,池化层用于特征降维并帮助提取远距离区域内的特征,导致某些部分信息(例如数据结构或某些空间信息间的联系)可能会在二次采样操作中丢失. ...
... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
Deep neural network with weight sparsity control and pre-training extracts hierarchical features and enhances classification performance: evidence from whole-brain resting-state functional connectivity patterns of schizophrenia
2
2016
... 近年来,得益于深度学习强大的学习能力,深度神经网络在越来越多的领域超越了传统机器学习方法. 在脑功能连接分类领域中,相较于传统机器学习技术,深度学习方法能获取到脑功能网络中的深层特征,有效地提升了脑功能连接的分类精度. kim等[14 ] 提出一种自适应学习算法,通过L1范数控制每一个隐藏层中的权重稀疏性,利用堆叠自编码器的方法来初始化权重,在精神分裂症分类任务中取得了较好的效果,并发现来自较高隐藏层的特征对任务更具有区分性. Li等[15 ] 利用视觉领域中的迁移学习思想提出一种针对脑功能连接分类的迁移学习框架(deep transfer learning neural network, DTL-NN)来增强对特征的学习,并在ASD分类任务的各个指标上都获得提升. Huang等[16 ] 基于功能连接(functional connections, FC)以及结构性连通性(structure connections,SC)之间的关系,提出一种扩散-卷积双线性神经网络(DCB-NN)框架,考虑网络节点之间广泛的交互作用,从脑网络中提取多尺度特征,对疾病进行预测. 有研究人员提出利用rs-fMRI时间序列属性进行网络化脑疾病识别的方法[17 -18 ] ,该方法使用重叠滑动窗口将rs-fMRI时间序列划分为一系列分段,然后构建纵向有序的功能连接网络,动态学习脑网络的结构变化,将网络特征提取和分类器训练集成到统一的框架中. 不仅可以明确地建模全脑网络随时间演化的连接模式,而且还可以捕获在不同网段定义的脑网络的独特特征. ...
... 显著稀疏模块的输出是包含所有脑功能连接的评分权重,它是一个长度为4005的向量,其中的分数越高,表示当前脑功能连接对于网络的贡献越大. 选择排序后产生的前10%评分权重对应位置的脑功能连接加入网络进行计算,而其中权重值位于排序后90%的功能连接不参与网络计算. 按照五折交叉验证的策略,重复5次实验后,统计经过显著稀疏模块后的保留特征中留存率超过80%的功能连接(如图5 所示),其中线的粗细为保留的重要脑功能连接的原始功能连接强度. 本研究认为这些脑功能来接对于网络的贡献是最大的,对疾病更有区分性,在图6 中线的粗细为重要脑功能连接对于网络分类的贡献程度,同时相应的脑功能连接对应的脑区为所患疾病的异常脑区. 对于ASD,本研究发现眶部额下回(ORBinf)、眶部额中回(ORBmid.L)、脑岛(INS.L)、颞上回(STG)、颞中回(MTG)、杏仁核(AMYG.L)、缘上回(SMG.L)为统计中出现最频繁的脑区,部分重要脑区在先前的研究中也有体现,其中杏仁核、颞回在Kim等的[14 -15 ,33 ] 的研究中被证实与ASD相关. 对于ADHD,发现中央前回(PreCG)、海马(HIP)、梭状回(FFG.R)、颞回(Temporal)、丘脑(Tha)为实验统计中出现最为频繁的脑区,其中中央前回、颞回在Chen等[34 ] 的研究中被发现. 这些结果证明了所提出的SSSC网络提取到的重要特征确实是真实有效的,并且能够有效的定位疾病的相关脑区. ...
A novel transfer learning approach to enhance deep neural network classification of brain functional connectomes
2
2018
... 近年来,得益于深度学习强大的学习能力,深度神经网络在越来越多的领域超越了传统机器学习方法. 在脑功能连接分类领域中,相较于传统机器学习技术,深度学习方法能获取到脑功能网络中的深层特征,有效地提升了脑功能连接的分类精度. kim等[14 ] 提出一种自适应学习算法,通过L1范数控制每一个隐藏层中的权重稀疏性,利用堆叠自编码器的方法来初始化权重,在精神分裂症分类任务中取得了较好的效果,并发现来自较高隐藏层的特征对任务更具有区分性. Li等[15 ] 利用视觉领域中的迁移学习思想提出一种针对脑功能连接分类的迁移学习框架(deep transfer learning neural network, DTL-NN)来增强对特征的学习,并在ASD分类任务的各个指标上都获得提升. Huang等[16 ] 基于功能连接(functional connections, FC)以及结构性连通性(structure connections,SC)之间的关系,提出一种扩散-卷积双线性神经网络(DCB-NN)框架,考虑网络节点之间广泛的交互作用,从脑网络中提取多尺度特征,对疾病进行预测. 有研究人员提出利用rs-fMRI时间序列属性进行网络化脑疾病识别的方法[17 -18 ] ,该方法使用重叠滑动窗口将rs-fMRI时间序列划分为一系列分段,然后构建纵向有序的功能连接网络,动态学习脑网络的结构变化,将网络特征提取和分类器训练集成到统一的框架中. 不仅可以明确地建模全脑网络随时间演化的连接模式,而且还可以捕获在不同网段定义的脑网络的独特特征. ...
... 显著稀疏模块的输出是包含所有脑功能连接的评分权重,它是一个长度为4005的向量,其中的分数越高,表示当前脑功能连接对于网络的贡献越大. 选择排序后产生的前10%评分权重对应位置的脑功能连接加入网络进行计算,而其中权重值位于排序后90%的功能连接不参与网络计算. 按照五折交叉验证的策略,重复5次实验后,统计经过显著稀疏模块后的保留特征中留存率超过80%的功能连接(如图5 所示),其中线的粗细为保留的重要脑功能连接的原始功能连接强度. 本研究认为这些脑功能来接对于网络的贡献是最大的,对疾病更有区分性,在图6 中线的粗细为重要脑功能连接对于网络分类的贡献程度,同时相应的脑功能连接对应的脑区为所患疾病的异常脑区. 对于ASD,本研究发现眶部额下回(ORBinf)、眶部额中回(ORBmid.L)、脑岛(INS.L)、颞上回(STG)、颞中回(MTG)、杏仁核(AMYG.L)、缘上回(SMG.L)为统计中出现最频繁的脑区,部分重要脑区在先前的研究中也有体现,其中杏仁核、颞回在Kim等的[14 -15 ,33 ] 的研究中被证实与ASD相关. 对于ADHD,发现中央前回(PreCG)、海马(HIP)、梭状回(FFG.R)、颞回(Temporal)、丘脑(Tha)为实验统计中出现最为频繁的脑区,其中中央前回、颞回在Chen等[34 ] 的研究中被发现. 这些结果证明了所提出的SSSC网络提取到的重要特征确实是真实有效的,并且能够有效的定位疾病的相关脑区. ...
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... 近年来,得益于深度学习强大的学习能力,深度神经网络在越来越多的领域超越了传统机器学习方法. 在脑功能连接分类领域中,相较于传统机器学习技术,深度学习方法能获取到脑功能网络中的深层特征,有效地提升了脑功能连接的分类精度. kim等[14 ] 提出一种自适应学习算法,通过L1范数控制每一个隐藏层中的权重稀疏性,利用堆叠自编码器的方法来初始化权重,在精神分裂症分类任务中取得了较好的效果,并发现来自较高隐藏层的特征对任务更具有区分性. Li等[15 ] 利用视觉领域中的迁移学习思想提出一种针对脑功能连接分类的迁移学习框架(deep transfer learning neural network, DTL-NN)来增强对特征的学习,并在ASD分类任务的各个指标上都获得提升. Huang等[16 ] 基于功能连接(functional connections, FC)以及结构性连通性(structure connections,SC)之间的关系,提出一种扩散-卷积双线性神经网络(DCB-NN)框架,考虑网络节点之间广泛的交互作用,从脑网络中提取多尺度特征,对疾病进行预测. 有研究人员提出利用rs-fMRI时间序列属性进行网络化脑疾病识别的方法[17 -18 ] ,该方法使用重叠滑动窗口将rs-fMRI时间序列划分为一系列分段,然后构建纵向有序的功能连接网络,动态学习脑网络的结构变化,将网络特征提取和分类器训练集成到统一的框架中. 不仅可以明确地建模全脑网络随时间演化的连接模式,而且还可以捕获在不同网段定义的脑网络的独特特征. ...
Modeling dynamic characteristics of brain functional connectivity networks using resting-state functional MRI
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2021
... 近年来,得益于深度学习强大的学习能力,深度神经网络在越来越多的领域超越了传统机器学习方法. 在脑功能连接分类领域中,相较于传统机器学习技术,深度学习方法能获取到脑功能网络中的深层特征,有效地提升了脑功能连接的分类精度. kim等[14 ] 提出一种自适应学习算法,通过L1范数控制每一个隐藏层中的权重稀疏性,利用堆叠自编码器的方法来初始化权重,在精神分裂症分类任务中取得了较好的效果,并发现来自较高隐藏层的特征对任务更具有区分性. Li等[15 ] 利用视觉领域中的迁移学习思想提出一种针对脑功能连接分类的迁移学习框架(deep transfer learning neural network, DTL-NN)来增强对特征的学习,并在ASD分类任务的各个指标上都获得提升. Huang等[16 ] 基于功能连接(functional connections, FC)以及结构性连通性(structure connections,SC)之间的关系,提出一种扩散-卷积双线性神经网络(DCB-NN)框架,考虑网络节点之间广泛的交互作用,从脑网络中提取多尺度特征,对疾病进行预测. 有研究人员提出利用rs-fMRI时间序列属性进行网络化脑疾病识别的方法[17 -18 ] ,该方法使用重叠滑动窗口将rs-fMRI时间序列划分为一系列分段,然后构建纵向有序的功能连接网络,动态学习脑网络的结构变化,将网络特征提取和分类器训练集成到统一的框架中. 不仅可以明确地建模全脑网络随时间演化的连接模式,而且还可以捕获在不同网段定义的脑网络的独特特征. ...
Identifying differences in brain activities and an accurate detection of autism spectrum disorder using resting state functional-magnetic resonance imaging: a spatial filtering approach
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2017
... 近年来,得益于深度学习强大的学习能力,深度神经网络在越来越多的领域超越了传统机器学习方法. 在脑功能连接分类领域中,相较于传统机器学习技术,深度学习方法能获取到脑功能网络中的深层特征,有效地提升了脑功能连接的分类精度. kim等[14 ] 提出一种自适应学习算法,通过L1范数控制每一个隐藏层中的权重稀疏性,利用堆叠自编码器的方法来初始化权重,在精神分裂症分类任务中取得了较好的效果,并发现来自较高隐藏层的特征对任务更具有区分性. Li等[15 ] 利用视觉领域中的迁移学习思想提出一种针对脑功能连接分类的迁移学习框架(deep transfer learning neural network, DTL-NN)来增强对特征的学习,并在ASD分类任务的各个指标上都获得提升. Huang等[16 ] 基于功能连接(functional connections, FC)以及结构性连通性(structure connections,SC)之间的关系,提出一种扩散-卷积双线性神经网络(DCB-NN)框架,考虑网络节点之间广泛的交互作用,从脑网络中提取多尺度特征,对疾病进行预测. 有研究人员提出利用rs-fMRI时间序列属性进行网络化脑疾病识别的方法[17 -18 ] ,该方法使用重叠滑动窗口将rs-fMRI时间序列划分为一系列分段,然后构建纵向有序的功能连接网络,动态学习脑网络的结构变化,将网络特征提取和分类器训练集成到统一的框架中. 不仅可以明确地建模全脑网络随时间演化的连接模式,而且还可以捕获在不同网段定义的脑网络的独特特征. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
Abcnn: Attention-based convolutional neural network for modeling sentence pairs
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2016
... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
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... 注意力机制思想来源于人类视觉的选择注意力机制,是一种能让模型对数据中的重要信息进行重点关注并充分学习吸收的技术,近年来在自然语言处理以及计算机视觉领域都取得了极佳的效果. Bahdanau等[19 ] 首次将注意力机制应用于机器翻译领域,提出一种体系结构(soft-search)使模型从输入序列中自动寻找与目标词相关的部分,同时执行翻译任务中的翻译与对齐,达到当时最优异的翻译性能. 之后Luong等[20 ] 在Bahdanau的工作上提出基于全局和局部的自注意力机制,进一步提升机器翻译的效果. Yin等[21 ] 针对语句的建模任务,提出3种卷积神经网络与注意力机制结合的方法,分别是在卷积前加入注意力,扩展原有输入通道;在卷积后的池化层加入注意力,对卷积后的表达进行重新加权;以及将以上2种方法结合的加权方法. 对不同方法的效果进行探究,展现如何在卷积神经网络中添加注意力的思路. Vaswani等[22 ] 在2017年提出一种完全基于自注意力的架构Transformer,该方法解决传统循环神经网络无法并行计算的问题,以及卷积神经网络难以获取远距离特征依赖关系的问题. Transformer不仅在自然语言处理领域取得良好的效果,而且在计算机视觉领域也被广泛地应用. 在计算机视觉相关任务中,CNN通常被视为网络的基本组件,但现有研究却表明,基于Transformer的网络结构具有取代传统CNN的能力. Chen等[23 ] 训练一个不需要2D输入结构信息的序列化Transformer,使用来自动回归预测像素,最终在图像分类任务上取得与CNN相当的结果. Dosovitskiyet等[24 ] 证明对于传多层CNN网络的使用是没有必要的,提出一种视觉转换模型ViT,将Transformer直接应用于图像块序列,最终在图像分类任务上表现良好. 除了图像分类任务,Transformer还被用于解决各种其他计算机视觉问题,包括目标检测、语义分割、图像处理和视频理解等领域. 对于脑功能连接分类领域,Gao 等[25 ] 提出一个计算rs-fMRI神经嵌入框架,用于学习ADHD分类任务中基于表型属性的注意力加权机制,以增强卷积变分自动编码器潜对特征表示的建模能力. Ma等[26 ] 提出一种水平注意引导的图神经网络(AGDGN),它运用注意力机制从脑网络中提取结构特征信息,并采用全局注意机制对图像的序列块进行进一步的处理. 最终通过2种注意机制的联合训练,从空间以及时间2个角度对阿尔兹海默病人的大脑信息进行揭示. Jeon等[13 ] 提出一种利用自注意力机制探索脑在空间上的信息模式随时间推移而变化的方法,对rs-fMRI数据的时空信息进行丰富的表示. 所以,注意力机制能够关注到脑功能连接特征中更加重要的区域,能够减少冗余特征的对于深度学习模型学习能力的影响,从而提升模型的分类效果. ...
The neuro bureau preprocessing initiative: open sharing of preprocessed neuroimaging data and derivatives
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2013
... 采用的数据集来自ABIDE (autism brain imaging data exchange)[27 ] 数据集和ADHD-200 (attention deficit and hyperactivity disorder)[28 ] 数据集. ABIDE发布于2012年8月,其中包含来自世界各地17个站点的539名患有自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder, ASD)的患者和573名典型对照者(typical controls, TC)的rs-fMRI数据,剔除其中缺乏标签的77个人的异常数据,最终剩下505名ASD患者和530名典型对照者. ADHD数据集包含361名患有注意缺陷与多动障碍(attention deficit hyperactivity disorder, ADHD)的被试以及585名正常被试. 表1 列出数据的性别以及年龄阶段分布,从表1 中可以观察到ASD数据样本大多分布在儿童、青少年以及成人之间,样本的年龄阶段分布较为均衡. 在样本中被试多数为男性,这是由于自闭症患者以及多动症障碍患者中男性发病率是女性的4~5倍,所以样本中性别分布也是正常的. ...
... 本研究采用预处理连接体项目[27 ] (preprocessed connect-omesproject)提供的已经预处理完成的数据. PCP项目公开4种不同预处理流程处理后的数据,采用经由rs-fMRI预处理助手(data processing assistant for rs-fMRI, DPARSF)工具处理后的数据,预处理方法主要包括层间时间校正、头动校正、全局平均强度归一化、干扰信号回归和带通滤波和空间配准等. 采用研究中被广泛的使用的自动解剖标记图谱AAL模板提取感兴趣区域 (region of interest,ROI) 的时间序列,该模板将大脑皮层划分为116个位置邻近、功能相似的功能脑区,现有研究通常采用前90个脑区作为研究对象. 对前90个ROI的平均时间序列数据,采用皮尔逊相关系数(Pearson correlation coefficient, PCC)方法计算不同ROI时间序列数据之间的功能连接强度. 假设 $ {Q}_{1} $ 、 $ {Q}_{2} $ 为划分的2个ROI, $ {Q}_{1} $ 的时间序列数据为 $ {Q}_{1}=\{{a}_{1},{a}_{2},\cdots {,a}_{n}\} $ , $ {{Q}}_{2} $ 的时间序列数据为 $ {Q}_{2}=\{{b}_{1},{b}_{2},\cdots ,{b}_{n}\} $ ,计算公式为 ...
The neuro bureau ADHD-200 preprocessed repository
1
2017
... 采用的数据集来自ABIDE (autism brain imaging data exchange)[27 ] 数据集和ADHD-200 (attention deficit and hyperactivity disorder)[28 ] 数据集. ABIDE发布于2012年8月,其中包含来自世界各地17个站点的539名患有自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder, ASD)的患者和573名典型对照者(typical controls, TC)的rs-fMRI数据,剔除其中缺乏标签的77个人的异常数据,最终剩下505名ASD患者和530名典型对照者. ADHD数据集包含361名患有注意缺陷与多动障碍(attention deficit hyperactivity disorder, ADHD)的被试以及585名正常被试. 表1 列出数据的性别以及年龄阶段分布,从表1 中可以观察到ASD数据样本大多分布在儿童、青少年以及成人之间,样本的年龄阶段分布较为均衡. 在样本中被试多数为男性,这是由于自闭症患者以及多动症障碍患者中男性发病率是女性的4~5倍,所以样本中性别分布也是正常的. ...
Convolutional neural network with sparse strategies to classify dynamic functional connectivity
3
2021
... 提出的模型与一些典型的脑功能连接分类方法以及近期发表的基于深度学习的脑功能分类方法进行比较. 涉及到的方法主要有独立量分析结合支持向量机(ICA-SVM)[29 ] 、主成分分析结合支持向量机(PCA-SVM)[30 ] 、带元素滤波器的卷积升级网络(convolutional neural network with element-wise filters,CNN-EW)[31 ] 、全连接双向长短时记忆神经网络(fully-connected bidirectional long short-term memory,Full-BiLSTM)[32 ] 以及稀疏策略卷积神经网络(sparse strategies convolutional neural network,SCNN)[29 ] . 为了保证实验的公正性,采用与其他文章相同的数据ABIDE数据集和ADHD200数据集进行实验. 实验结果如表2 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
... [29 ]. 为了保证实验的公正性,采用与其他文章相同的数据ABIDE数据集和ADHD200数据集进行实验. 实验结果如表2 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
... 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
The effect of machine learning regression algorithms and sample size on individualized behavioral prediction with functional connectivity features
1
2018
... 提出的模型与一些典型的脑功能连接分类方法以及近期发表的基于深度学习的脑功能分类方法进行比较. 涉及到的方法主要有独立量分析结合支持向量机(ICA-SVM)[29 ] 、主成分分析结合支持向量机(PCA-SVM)[30 ] 、带元素滤波器的卷积升级网络(convolutional neural network with element-wise filters,CNN-EW)[31 ] 、全连接双向长短时记忆神经网络(fully-connected bidirectional long short-term memory,Full-BiLSTM)[32 ] 以及稀疏策略卷积神经网络(sparse strategies convolutional neural network,SCNN)[29 ] . 为了保证实验的公正性,采用与其他文章相同的数据ABIDE数据集和ADHD200数据集进行实验. 实验结果如表2 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
1
... 提出的模型与一些典型的脑功能连接分类方法以及近期发表的基于深度学习的脑功能分类方法进行比较. 涉及到的方法主要有独立量分析结合支持向量机(ICA-SVM)[29 ] 、主成分分析结合支持向量机(PCA-SVM)[30 ] 、带元素滤波器的卷积升级网络(convolutional neural network with element-wise filters,CNN-EW)[31 ] 、全连接双向长短时记忆神经网络(fully-connected bidirectional long short-term memory,Full-BiLSTM)[32 ] 以及稀疏策略卷积神经网络(sparse strategies convolutional neural network,SCNN)[29 ] . 为了保证实验的公正性,采用与其他文章相同的数据ABIDE数据集和ADHD200数据集进行实验. 实验结果如表2 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
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... 提出的模型与一些典型的脑功能连接分类方法以及近期发表的基于深度学习的脑功能分类方法进行比较. 涉及到的方法主要有独立量分析结合支持向量机(ICA-SVM)[29 ] 、主成分分析结合支持向量机(PCA-SVM)[30 ] 、带元素滤波器的卷积升级网络(convolutional neural network with element-wise filters,CNN-EW)[31 ] 、全连接双向长短时记忆神经网络(fully-connected bidirectional long short-term memory,Full-BiLSTM)[32 ] 以及稀疏策略卷积神经网络(sparse strategies convolutional neural network,SCNN)[29 ] . 为了保证实验的公正性,采用与其他文章相同的数据ABIDE数据集和ADHD200数据集进行实验. 实验结果如表2 所示,部分实验结果来自于文献[29 ]. 从表2 中可以看出,所提出的脑功能连接分类算法SSSC在ASD数据集上的4个指标均取得了最高值. 相比之前的研究方法,在正确率上相较于最优模型SCNN提升了10.41%,在灵敏度和AUC上分别提升了11.54%和15.95%,在特异度上相较于最优模型Full-BiLSTM提升了8.21%,在ADHD数据集的正确率、灵敏度、AUC上也取得了最高值. 虽然在特异度上小于CNN-EW,这是由于ADHD数据集正负样本不均衡,若模型分类性能不足时,分类结果往往会向样本数多的一类进行偏移,导致灵敏度或者特异度中某一个值偏高. 综合来看所提出的SSSC方法性能最优. 虽然Full-BiLSTM和SCNN方法对时间维度上的信息进行提取,由于输入特征中冗余特征过多,最终对于模型分类能力的提升帮助有限,本研究尽管只构建了静态的脑功能连接矩阵,但是在最终分类性能上所提出的SSSC方法优于SCNN方法. ...
Identification of autism spectrum disorder using deep learning and the ABIDE dataset
1
2018
... 显著稀疏模块的输出是包含所有脑功能连接的评分权重,它是一个长度为4005的向量,其中的分数越高,表示当前脑功能连接对于网络的贡献越大. 选择排序后产生的前10%评分权重对应位置的脑功能连接加入网络进行计算,而其中权重值位于排序后90%的功能连接不参与网络计算. 按照五折交叉验证的策略,重复5次实验后,统计经过显著稀疏模块后的保留特征中留存率超过80%的功能连接(如图5 所示),其中线的粗细为保留的重要脑功能连接的原始功能连接强度. 本研究认为这些脑功能来接对于网络的贡献是最大的,对疾病更有区分性,在图6 中线的粗细为重要脑功能连接对于网络分类的贡献程度,同时相应的脑功能连接对应的脑区为所患疾病的异常脑区. 对于ASD,本研究发现眶部额下回(ORBinf)、眶部额中回(ORBmid.L)、脑岛(INS.L)、颞上回(STG)、颞中回(MTG)、杏仁核(AMYG.L)、缘上回(SMG.L)为统计中出现最频繁的脑区,部分重要脑区在先前的研究中也有体现,其中杏仁核、颞回在Kim等的[14 -15 ,33 ] 的研究中被证实与ASD相关. 对于ADHD,发现中央前回(PreCG)、海马(HIP)、梭状回(FFG.R)、颞回(Temporal)、丘脑(Tha)为实验统计中出现最为频繁的脑区,其中中央前回、颞回在Chen等[34 ] 的研究中被发现. 这些结果证明了所提出的SSSC网络提取到的重要特征确实是真实有效的,并且能够有效的定位疾病的相关脑区. ...
ADHD classification by dual subspace learning using resting-state functional connectivity
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2020
... 显著稀疏模块的输出是包含所有脑功能连接的评分权重,它是一个长度为4005的向量,其中的分数越高,表示当前脑功能连接对于网络的贡献越大. 选择排序后产生的前10%评分权重对应位置的脑功能连接加入网络进行计算,而其中权重值位于排序后90%的功能连接不参与网络计算. 按照五折交叉验证的策略,重复5次实验后,统计经过显著稀疏模块后的保留特征中留存率超过80%的功能连接(如图5 所示),其中线的粗细为保留的重要脑功能连接的原始功能连接强度. 本研究认为这些脑功能来接对于网络的贡献是最大的,对疾病更有区分性,在图6 中线的粗细为重要脑功能连接对于网络分类的贡献程度,同时相应的脑功能连接对应的脑区为所患疾病的异常脑区. 对于ASD,本研究发现眶部额下回(ORBinf)、眶部额中回(ORBmid.L)、脑岛(INS.L)、颞上回(STG)、颞中回(MTG)、杏仁核(AMYG.L)、缘上回(SMG.L)为统计中出现最频繁的脑区,部分重要脑区在先前的研究中也有体现,其中杏仁核、颞回在Kim等的[14 -15 ,33 ] 的研究中被证实与ASD相关. 对于ADHD,发现中央前回(PreCG)、海马(HIP)、梭状回(FFG.R)、颞回(Temporal)、丘脑(Tha)为实验统计中出现最为频繁的脑区,其中中央前回、颞回在Chen等[34 ] 的研究中被发现. 这些结果证明了所提出的SSSC网络提取到的重要特征确实是真实有效的,并且能够有效的定位疾病的相关脑区. ...