RNA二级结构,相似度,奇异值分解,特征提取," /> RNA二级结构,相似度,奇异值分解,特征提取,"/>  基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法
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浙江大学学报(工学版)
J4  2007, Vol. 41 Issue (8): 1249-1254    
论文     
 基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法
1．浙江大学 沃森基因组科学研究院，浙江 杭州 310008;2．浙江大学 生命科学学院,浙江 杭州 310027;
 3．浙江大学 计算机科学与技术学院，浙江 杭州 310027
 全文: PDF 
摘要：

针对传统的核糖核酸(RNA)分子结构相似度计算方法存在复杂度高、未能充分考虑二级结构全局信息的缺点,基于一种7维序列编码方法，提出了一种利用矩阵奇异值分解提取RNA二级结构数据分布特征的算法，利用提取出的奇异值向量,基于向量距离进行RNA二级结构相似度比对.通过对Yeast tRNAphe、PSTV、poliovirus mutant 3种RNA分子二级结构构象的实验分析，表明了该方法的可行性和高效性.并将这种方法推广至任意两个RNA分子之间二级结构的相似度衡量，同样取得了不错的效果.
关键词： RNA二级结构')" href="#">RNA二级结构;  相似度;  奇异值分解;  特征提取    
出版日期: 2007-08-07
通讯作者: 叶修梓，男，教授. E-mail:xyz@zju.edu.cn   
作者简介: 刘琦（1981－），男，安徽合肥人，博士生，从事生物信息与数据挖掘方面研究.E-mail:lq19811015@tom.com
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刘琦
张引
叶修梓
俞荣栋

引用本文:

刘琦 张引 叶修梓 俞荣栋.  基于奇异值分解的RNA二级结构相似度计算方法[J]. J4, 2007, 41(8): 1249-1254.

LIU Qi, ZHANG Yin, Xie-Xiu-Zi, Shu-Rong-Dong. . J4, 2007, 41(8): 1249-1254.

链接本文:

http://www.zjujournals.com/xueshu/eng/CN/    或    http://www.zjujournals.com/xueshu/eng/CN/Y2007/V41/I8/1249

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