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浙江大学学报(工学版)
J4  2008, Vol. 42 Issue (9): 1653-1660    
论文     
高密度寡核苷酸阵列的数据标准化方法
1.浙江大学 生命科学学院,浙江 杭州 310058;2.浙江大学 加州纳米科学研究院，浙江 杭州 310029;3.浙江大学 计算机科学与技术学院，浙江 杭州 310027；4.谷物研究中心，Winnipeg,MB 加拿大
 全文: PDF 
摘要：

针对微阵列数据的标准化方法进行系统阐述，对高密度寡核苷酸阵列(Affymetrix芯片)的两类主要标准化算法：全数据算法和基线算法进行了探讨，同时对其他标准化算法（复合算法、VSN算法、全局loess算法、Invariant set算法等）进行了综合的论述和分析.基于标准数据集对前两类标准化算法处理的效果和效率做了对比测试，结果表明，算法在数据变异性的消除方面，对于非差异表达数据，全数据算法可以达到比较优秀的处理结果;对于差异表达数据，Quantile和Non-linear算法比较有效.在算法的耗时方面，Scale算法最优.全面考虑时间效率和标准化处理效果，Quantile算法具有一定的综合优势.
关键词： 寡核苷酸阵列;  Affymetrix芯片;  标准化;  数据集;  变异性    
出版日期: 2008-09-02
基金资助:

浙江省教育厅科研项目资助项目研究(20050399)
通讯作者: 张引，女，副教授.E-mial: yinzh@zju.edu.cn   
作者简介: 刘琦（1981－），男，安徽合肥人，博士生．从事生物信息学、基因芯片数据分析方面研究. E-mial: lq19811015@tom.com
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刘琦
张引
俞荣栋
王明怡
叶修梓

引用本文:

刘琦 张引 俞荣栋 王明怡 叶修梓. 高密度寡核苷酸阵列的数据标准化方法[J]. J4, 2008, 42(9): 1653-1660.

LIU Qi, ZHANG Yin, SHU Rong-Dong, WANG Meng-Yi, XIE Xiu-Zi. . J4, 2008, 42(9): 1653-1660.

链接本文:

http://www.zjujournals.com/xueshu/eng/CN/    或    http://www.zjujournals.com/xueshu/eng/CN/Y2008/V42/I9/1653

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