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浙江大学学报（农业与生命科学版）
浙江大学学报(农业与生命科学版)  2007, Vol. 33 Issue (3): 247-253    
生物科学与技术     
影响伪狂犬病病毒同义密码子用法特点的因素分析
殷华平　郭万柱　徐志文　杨丽
殷华平（四川农业大学动物生物技术中心,四川雅安,625014）　　　　　　
郭万柱（四川农业大学动物生物技术中心,四川雅安,625014）　　　　　　
徐志文（四川农业大学动物生物技术中心,四川雅安,625014）　　　　　　
杨丽（四川农业大学动物科技学院,四川雅安,625014）
 全文: PDF(596 KB)  
摘要： 为了充分了解伪狂犬病病毒基因组结构和病毒进化机制,计算伪狂犬病病毒各基因(组)Nc值、RSCU值、GC3s含量和双核苷酸组成,分析伪狂犬痛病毒密码子用法特点.采用目前最普遍使用的多变量统计分析方法(对应分析)分析影响伪狂犬病病毒基因组同义密码子用法偏爱性的因素.结果表明:①在GC含量丰富的伪狂犬病病毒基因组中,所有基因都偏爱于以G或C结尾的密码子;②伪狂犬病病毒对CpG、CpC、GpC和GpG 4种双核苷酸具有显著偏爱性,而较少使用ApA、ApT、TpA和TpT 4种双核苷酸;③碱基组成限制、碱基突变压力、翻译选择和基因功能是形成伪狂犬病病毒密码子用法特点的4种因素.伪狂犬病病毒所有基因Nc-GC3s分布图显示有些基因如LLT ORF1、LLT ORF2等的偏向性完全是由于碱基的组成限制.GC3s-GC12s散点图则显示碱基突变和自然选择都是PRV密码子偏向性的形成因素.根据RSCU值进行的对应分析表明伪狂犬病病毒大多数基因密码子用法受基因表达水平和基因功能影响.综上所述,伪狂犬病病毒偏爱于G或C结尾的密码子,且碱基组成限制、碱基突变、翻译选择和基因功能是影响伪狂犬病病毒同义密码子用法特点的主要因素.
出版日期: 2007-05-27
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引用本文:

殷华平　郭万柱　徐志文　杨丽. 影响伪狂犬病病毒同义密码子用法特点的因素分析 [J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2007, 33(3): 247-253.

链接本文:

https://www.zjujournals.com/agr/CN/Y2007/V33/I3/247

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