为探究舟山群岛中的舟山岛、普陀山、中街山列岛、桃花岛、朱家尖、梅山岛、大榭岛、金塘岛、册子岛等9个主要岛屿间种子植物区系的差异及其影响因素,应用PC-ORD 4.0、SPSS 15.0软件对各岛屿区系相似性进行聚类和排序分析.结果表明:①该群岛的种子植物种类组成有一定的地理分化:舟山岛、金塘岛、梅山岛、大榭岛、册子岛的植物区系较为相近,可以归为一组,它们与整个浙江省的分布区类型也较为相似;桃花岛、朱家尖、普陀山、中街山列岛的植物区系可以归为另一组,该组具较明显的热带亲缘特征;②除了舟山岛,各岛的珍稀濒危植物的区系关系与种子植物大致一样;③种子植物种类组成受岛屿的海拔、离大陆远近和岛屿自身的海岸线长度影响较大,岛屿总面积、山地面积、平地面积、人口数量对植物区系也有一定的影响,但山地/平地面积对其影响甚微.