基于水稻与拟南芥全基因组序列,在基因组与蛋白质组水平上对这2种模式植物的丝氨酸羧肽酶 (SCPs)基因家族进行比较分析.利用隐马可夫模型(hidden Markov models,HMM),发现水稻与拟南芥中分别存在71个与54个丝氨酸羧肽酶类(serine carboxypeptidases like,SCPL)蛋白编码基因,它们广泛分布于基因组中各条染色体上,并且存在多个基因簇聚区.基因结构分析显示,拟南芥的SCPL基因存在广泛的交替剪接方式,而这种现象在水稻SCPL基因中却不常见.蛋白结构分析表明,所有SCPL家族成员均具有α/β水解酶折叠亚族与S10家族典型的保守结构域与二级结构特征.系统进化分析表明,这125个SCPL蛋白可以分成3大类,与水稻不同,大多数拟南芥SCPL (88.9%)可归属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ.
冯英, 俞朝. 水稻与拟南芥全基因组丝氨酸羧肽酶类蛋白家族比较分析(英文)[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2009, 35(1): 1-15.
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http://www.zjujournals.com/agr/CN/10.3785/j.issn.1008-9209.2009.01.001 或 http://www.zjujournals.com/agr/CN/Y2009/V35/I1/1
Cited