Please wait a minute...
浙江大学学报（农业与生命科学版）
浙江大学学报(农业与生命科学版)  2006, Vol. 32 Issue (2): 119-122    
论文     
植物基因转录起始频率分析
张扬　 徐国华　 樊龙江　
张扬（浙江大学IBM生物计算实验室,浙江,杭州,310029）　　　　　　
徐国华（浙江大学,作物科学研究所,浙江,杭州,310029）　　　　　　
樊龙江（浙江大学IBM生物计算实验室,浙江,杭州,310029;浙江大学,作物科学研究所,浙江,杭州,310029）
 全文: PDF(309 KB)  
摘要： 利用UniGene数据库转录本序列数据,通过生物信息学方法,对已有全长mRNA序列数据的基因进行其转录本5'端序列的比对,获得该基因编码区前所有转录本的启始位点信息.通过7种植物17437个基因的分析表明,植物基因平均在171 bp(mRNA水平上)或174 bp(基因组水平上)的区间内转录启始,转录频率分布基本呈正态分布.为此我们研发了基因转录启始频率分析程序包PIFMaker,并基于以上分析获得的数据,建立了植物基因转录频率数据库(PIFdb,http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/).本研究分析基于该数据库第2版(Release 2.0)的数据.
出版日期: 2006-03-27
:  null  
服务　　
把本文推荐给朋友
加入引用管理器
E-mail Alert
RSS
作者相关文章　　
张扬　 徐国华　 樊龙江　

引用本文:

张扬　 徐国华　 樊龙江　. 植物基因转录起始频率分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(2): 119-122.

链接本文:

https://www.zjujournals.com/agr/CN/Y2006/V32/I2/119

null
[1] 李永夫　 罗安程　 黄继德　 魏兴华. 不同磷效率水稻基因型根系形态和生理特性的研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(6): 658-664.
[2] 卢泳全　 吴为人　. 应用SRAP技术从大米草根中分离盐胁迫应答基因[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 511-514.
[3] 张鸿雁　 张宏礼　 郭满才　 袁志发. 不同交配方式下遗传平衡的信息学分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 511-519.
[4] 张志诚　 孙江华　 黄保续　 张锋　 欧阳华　. 基于GIS的松树萎蔫病发生格局研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 551-556.
[5] 刘乐承　 余小林　 叶纨芝　 向珣　 曹家树. 白菜雄性不育相关基因BcMF3功能的反义RNA验证[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 473-478.
[6] 宣瑛　宣瑛　 闵航　 吕镇梅　 闫铂　　. Azotobacter beijerinckii C4对镉和乙草胺复合污染的氧化应激反应研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 489-494.
[7] 叶树明　 楼凯凯　 杨俊毅　 张东声　 陈杭　. 利用ATP生物发光法测定西湖水体微生物量[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 500-504.
[8] 张艳禾　 张兰威　 胡森　 步志高. Lactobacillus reuteri PYR8亚油酸异构酶基因在毕赤酵母中的表达 　[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(5): 505-510.
[9] 夏凤毅　 吴东雷　 郑平　 王传花　. 邻苯二甲酸酯的厌氧生物降解规律研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 444-448.
[10] 沈小星　 陈哲铭　 方士　 姚铭　 王凯雄　. 老龄垃圾渗滤液混凝-催化臭氧氧化工艺研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 449-454.
[11] 李正宏　 邱英雄　 徐海明　 叶倩　 傅承新　. 濒危植物核心种质取样比率的蒙特卡罗模拟研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 455-459.
[12] 王新明　 占玉林　 王长耀　 牛铮. 基于遥感与GIS中国陆地景观结构分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 460-466.
[13] 余小枫　 徐建明　 刘杏梅. 茶叶产地环境评价及其信息系统构建研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 467-472.
[14] 詹喜　 王庆利　 邹慧熙　 郑晓冬　 梅乐和　. 有机溶剂中固定化酵母细胞催化香叶醇还原生物转化的研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 391-395.
[15] 于飞进　 陈卫良. 培养条件对Bacillus cereus 357生长及产生拮抗物质的影响[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(4): 396-400.