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浙江大学学报（农业与生命科学版）
浙江大学学报（农业与生命科学版）  2018, Vol. 44 Issue (5): 629-637    DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2016.10.242
动物科学与动物医学     
静宁鸡肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析
张丽1*，刘丽霞1，戴洪伟1，陈红1，王瑞1，岳炳辉2
（1. 西北民族大学生命科学与工程学院，兰州 730030；2. 青海畜牧兽医职业技术学院，青海 湟源 812100）
Single nucleotide polymorphism screening and bioinformatics analysis of myostatin gene in Jingning chicken
ZHANG Li1*, LIU Lixia1, DAI Hongwei1, CHEN Hong1, WANG Rui1, YUE Binghui2
(1. College of Life Science and Engineering, Northwest University for Nationalities, Lanzhou 730030, China; 2. Qinghai Vocational and
Technical Institute of Animal Husbandry and Veterinary, Huangyuan 812100, Qinghai, China)
 全文: PDF(3303 KB)   HTML ( ) 
摘要： 为了在静宁鸡群体中筛选出肌肉生长抑制素基因（myostatin, MSTN）突变个体，通过若干世代选育而培育出产肉率较高的优良家禽品种，以第5 世代静宁鸡为试验对象构建DNA混合池，通过分段扩增获得静宁鸡MSTN基因编码序列，并对其进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）筛查和生物信息学分析。结果表明：静宁鸡MSTN基因编码区全长1 128 bp，编码375 个氨基酸，该蛋白为亲水性蛋白；编码区共筛查到4 个SNPs，分别为exon1-c.60G＞A、exon1-c.195C＞G、exon1-c.234G＞A、exon3-c.966G＞T，均为同义突变；核苷酸突变后mRNA二级结构和自由能的改变导致其结构稳定性发生改变；蛋白质二、三级结构的主要元件为无规则卷曲，延伸链、α-螺旋和β-转角则散布于整个蛋白质结构中。综上表明，静宁鸡MSTN基因具有较高的突变性，为静宁鸡生长性状的标记辅助选择提供了分子基础。
关键词： 静宁鸡;  肌肉生长抑制素基因;  单核苷酸多态性;  生物信息学    
Abstract: In order to screen out the individuals of myostatin (MSTN) gene mutation, and breed fine poultry breeds with higher meat yield through a number of generations in Jingning chicken population, the fifth generation of Jingning chicken was selected as experimental objects to construct DNA pools, and the MSTN gene encoding sequence of Jingning chicken was obtained through segment amplification method, and the single nucleotide polymorphism (SNP) screening and bioinformatics analysis were carried out. The results showed that the coding sequence (CDS) region of MSTN gene in Jingning chicken was 1 128 bp long, encoding 375 amino acids, and the protein encoded by MSTN gene was hydrophilic protein. Four SNPs were found in CDS region including exon1-c.60G＞A, exon1-c.195C＞G, exon1-c.234G＞A, exon3-c.966G＞T, which were all synonymous mutations. The change of mRNA, secondary structure and free energy after nucleotide mutation led to the change of its structural stability. The main components of the protein secondary structure and tertiary structure were random coil, and the extended strand, α -helix and β -turn were scattered throughout the protein structure. The above result indicates that the MSTN gene of Jingning chicken has high mutagenicity, which provides molecular basis for marker-assisted selection of growth traits in Jingning chicken.
Key words: Jingning chicken    myostatin gene    single nucleotide polymorphism    bioinformatics
出版日期: 2018-10-30
CLC:  S 831.2  
基金资助: 西北民族大学中央高校基本科研业务费专项资金（31920170025，31920150024，31920170176）。
通讯作者: 张丽（https://orcid.org/0000-0001-8431-7846）     E-mail: zhangli2008@aliyun.com
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张丽
刘丽霞
戴洪伟
陈红
王瑞
岳炳辉

引用本文:

张丽, 刘丽霞, 戴洪伟, 陈红, 王瑞, 岳炳辉. 静宁鸡肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性筛查及生物信息学分析[J]. 浙江大学学报（农业与生命科学版）, 2018, 44(5): 629-637.

ZHANG Li, LIU Lixia, DAI Hongwei, CHEN Hong, WANG Rui, YUE Binghui. Single nucleotide polymorphism screening and bioinformatics analysis of myostatin gene in Jingning chicken. Journal of Zhejiang University (Agriculture and Life Sciences), 2018, 44(5): 629-637.

链接本文:

http://www.zjujournals.com/agr/CN/10.3785/j.issn.1008-9209.2016.10.242    或    http://www.zjujournals.com/agr/CN/Y2018/V44/I5/629

[1] 马广莹，朱开元，史小华，邹清成，刘慧春，詹菁，田丹青. 红掌2个SOC1基因的克隆、序列与表达分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2017, 43(3): 289-297.
[2] 段忠取，朱军. 全基因组关联分析研究进展[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2015, 41(4): 385-393.
[3] 李丽, 徐琪, 陈阳, 黄学涛, 李柳萌, 陶仲连, 陈国宏. 绍兴鸭生长激素基因多态性与生长性能关联性分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2015, 41(03): 365-370.
[4] 张斌， 朱军. 吸烟和性别对身体质量指数遗传结构的影响(英文)[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2014, 40(4): 421-430.
[5] 朱乾浩， 丹尼·卢埃林， 印·威尔逊. 高通量测序技术在多倍体作物基因组学研究中的应用（英文）[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2014, 40(4): 355-369.
[6] 沈恩惠， 刘扬， 叶楚玉， 樊龙江. 植物非编码小RNA研究进展（英文）[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2014, 40(4): 370-378.
[7] 郝心颖， 朱军. 全基因组关联分析SGRQ遗传变异与吸烟的关系(英文)[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2014, 40(4): 431-439.
[8] 李小白， 向林， 罗洁， 秦德辉， 孙崇波. 建兰转录本的微卫星序列和单核苷酸多态性信息分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2014, 40(4): 463-472.
[9] 柯野， 曾松荣， 郑秋桦. 总状毛霉丝氨酸蛋白酶基因结构和功能的生物信息学分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2012, 38(4): 370-376.
[10] 李猛， 郭大龙， 刘崇怀， 张国海， 侯小改. 葡萄EST-SNP位点的信息与特征[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2012, 38(3): 263-270.
[11] 贺道华, 邢宏宜, 赵俊兴, 赵艳宁, 齐程, 王艳婷. 多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2011, 37(5): 485-492.
[12] 周小东,沈富兵,郑崛村. β-苦瓜蛋白质分子结构模建研究[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2011, 37(4): 399-406.
[13] 马 云,王云云,张晓婷,李 芬,王启钊,王新庄. 鸭PPARα基因结构及功能的生物信息学分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2011, 37(4): 371-379.
[14] 徐田军,孙悦娜,石戈,王日昕. 鮸鱼EST-cSNP位点发掘及其特征分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2011, 37(3): 280-288.
[15] 张弢　 向珣　 叶纨芝　 余小林　 曹家树. 芜菁花粉发育相关基因BcMF2r的分子克隆及其生物信息学分析[J]. 浙江大学学报(农业与生命科学版), 2006, 32(6): 598-605.