农业产业化经营中存在着签约双方地位的非对等性、契约本身的非完善性以及契约执行过程中的败德问题.将合作制引入农业产业化经营,能够对分散农户的机会主义行为进行监督和约束,并有效降低市场风险和技术风险,增加农户在产业化经营中的收益.但同时,合作制的制度缺陷促使一种新的制度安排,即集合作制与股份制特征于一身的股份合作制的引入,它不仅有效降低了交易成本,而且促使公司和农户增加资产专用性投资,稳定契约,减少农业产业化经营中的逆向选择和道德风险.股份合作制的制度创新在于通过股份制的利益机制联结农民,通过合作机制改变农民的弱势地位,重塑龙头企业与农户的关系,进一步推进农业产业化进程.