多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发
单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA 序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP 标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP 的开发与应用却进展迟缓.为促进多倍体植物中SNP 的开发,本文对多倍体植物中SNP 标记开发所遇到的难题进行了阐述,并对多倍体中SNP 标记开发方法进行了梳理,包括位点特异性引物的PCR 片段直接测序,利用多倍体的近缘二倍体区分SNPs和部分同源序列间的差异( homoeologous sequence variants , HSVs) ,利用2代测序技术大规模发掘SNPs ,基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选SNPs ,通过遗传(分离)模式的研究验证SNPs 等.利用上述方法可实现多倍体植物中SNP 标记的大规模开发