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浙江大学学报（医学版）
浙江大学学报（医学版）  2007, Vol. 36 Issue (6): 531-536    DOI: 10.3785/j.issn.1008-9292.2007.06.003
专题报道     
应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌
曹清毅;侯晓丽;吴昊;陈智
浙江大学医学院附属第一医院传染病研究所,浙江,杭州,310003
Identification of closely related bacteria via phylogenetic methods
 全文: PDF(270 KB)   HTML ( ) 
摘要：

目的:以gyrB基因序列为基础,采用系统发育分析方法构建进化树,对种系关系密切的病原菌进行区分鉴别.方法:测序获得本地区19株大肠埃希菌、13株志贺菌、2株豚鼠气单胞菌、2株嗜水气单胞菌、1株维隆气单胞菌的gyrB基因序列,并将其同公共数据库已有序列合并,构建进化树.分析各序列在树中的聚类关系,以此对菌株进行种水平分类鉴别,并同BLAST查询结果相比较.结果:除鲍氏和痢疾志贺菌外,对检测的所有序列,在进化树上与之最邻近的5条序列均为该种菌株.而对一部分菌株,其BLAST查询结果中含有其它菌种的或分类关系不明确的序列.结论:以系统发育方法对种系发生关系密切的病原菌序列进行鉴别,具有较好的分辨力和准确度.
关键词： 细菌;  基因;  鉴别;  系统发育树;  gyrB基因;  BLAST;  序列分析    
出版日期: 2007-11-25
基金资助:

浙江省科技厅资助项目(2003C13015;021103128)
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曹清毅
侯晓丽
吴昊
陈智

引用本文:

曹清毅;侯晓丽;吴昊;陈智 . 应用系统发育分析方法鉴别近缘病原菌[J]. 浙江大学学报（医学版）, 2007, 36(6): 531-536.

链接本文:

https://www.zjujournals.com/med/CN/Y2007/V36/I6/531

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